2008年4月考古队对禹墟遗址进行了第二次更大范围的发掘，二期发掘时在一期探明的50万平方米遗址东侧，又发现了大量文化层的存在，这一发现意味着原先估测的遗址面积将被改写，说明这里在古代极有可能是一座大城池或者是人类聚落地。 
    二期发现了大片白色夯土层，其人工堆筑现象十分明显。而裸露其中的“甲”字形夯土台基旁发现的红烧土堆积，显然是古代烧火祭祀的场所。在“甲”字形夯土台的中轴线上还发掘出方字台阶，可能就是祭祀活动时摆放重要祭器的地方，而“甲”字形夯土台中心区域呈现的中间高、四周低貌似阶梯状的构造格局，以及用浅沟槽分割成不同区域的迹象，似乎也能看出是对参加祭祀的各方部落首领按地位等级有意为之。在这么大面积的夯土遗迹上进行祭祀活动，其规模是可想而知的，在整个龙山文化时期也是绝无仅有的。 
    据蚌埠市博物馆工作人员介绍，最能证明禹墟遗址上在4000多年前曾举行过大型祭祀活动迹象的，是遗址夯土层及周边文化层出土的非同一般且代表特定意义的陶器。不论是有着20多种样式的鬼脸式鼎，还是出现比中原地区至少要早1000多年的假腹簋，以及精美的陶鬶，都是与生活关系不大的祭祀用品。三腿鬼脸鼎在龙山文化时期多被当作避邪之物，很大程度上体现的是宗教意图。假腹簋杯浅壁薄，根本就不能盛装东西，决非正式的生活用品。陶鬹更是吸水性强器壁极薄的祭祀器皿，多为地位高贵的上等人用来作为祭祀的用品。这些陶器由于烧制简单粗糙，加之壁体单薄，有的仅比蛋壳稍厚些，受到磕碰极易破碎而且难以修复，大多不能在日常生活中使用，完全是祭祀器皿，往往在祭祀结束就弃之不用，就如同今天用纸扎的车马家电做陪葬品一样，代表着一种文化现象。禹会村遗址出土大量烧制粗糙，胎质不纯，薄如蛋壳且无法在生活中使用的器皿，其底部往往都有明显火烧烟熏的燎痕，说明这些器皿就是为大型短期祭祀活动而烧制的用品。这种迹象从另一种角度证明，在4000多年前的禹墟遗址上的确曾经举行过一场规模宏大的祭祀活动。